Stane sa prvou ženou, ktorá bude zastávať túto funkciu v 50-ročnej histórii samostatnej lekárskej fakulty so sídlom v Martine. Jesseniovu lekársku fakultu UK v Martine povedie vo funkčnom období od 1. februára 2019 do 31. januára 2023. Do funkcie dekanky ju vymenuje na návrh Akademického senátu JLF UK v Martine rektor Univerzity Komenského v Bratislave.
Profesorka Andrea Čalkovská v súčasnosti zastáva funkciu prvej prodekanky a prodekanky pre vedecko-výskumnú činnosť.